Han sido numerosas las intervenciones arqueológicas en Madinat Ilbira desarrolladas por el grupo de investigación «Toponimia, Historia y Arqueología del Reino de Granada», que dirige el Catedrático de Historia Medieval de la Universidad de Granada Antonio Malpica Cuello.
Ya en el año 2005 comienza su andadura el Proyecto General de Investigación «La ciudad de Madinat Ilbira», con una duración de seis años. El Proyecto tiene como objetivo principal analizar desde una perspectiva fundamentalmente arqueológica la evolución de un asentamiento que con certeza se configura como urbano en los primeros tiempos andalusíes, comenzando desde el siglo IX, si no antes, hasta su paulatino abandono a partir del siglo XI, con la formación del reino zirí. Dicho de otra manera, intenta estudiar el proceso de formación de una madina de al-Andalus, sin olvidar la posibilidad de conectarlo con un núcleo precedente romano y tardorromano.
La primera intervención dentro del Proyecto tuvo lugar en el año 2005 y se centró en la zona alta del yacimiento, en el Cerro de El Sombrerete y su entorno más inmediato. Los trabajos de excavación documentaron varias viviendas, parte de la muralla y una puerta en la misma, así como una zona artesanal.
La última campaña dentro del Proyecto, en el año 2009, desarrollada en en entorno del Cortijo de las Monjas y a los pies del Cerro del Almirez, ha permitido documentar viviendas, estructuras hidráulicas, espacios públicos y un pequeño cementerio muy posiblemente de carácter familiar.
Estas intervenciones han permitido obtener una imagen algo fragmentada de la ciudad, conociéndose mejor la zona de la Alcazaba y la muralla que la encerraba, la zona artesanal, el llano en el que se sitúan numerosos pozos, parte del trazado urbano y el lugar en donde se emplazó la mezquita. Junto a ello, los numerosos materiales arqueológicos, como cerámica, restos óseos, fauna, elementos constructivos, vidrio, restos metálicos y monedas… algunos de excepcional importancia, evidencian la importancia replica watches que debió tener el yacimiento.