Los primeros trabajos arqueológicos
A causa de esta acalorada disputa sobre la ubicación de la ciudad romana, no es sorprendente la expectación producida en 1842 por el descubrimiento de una serie de enterramientos en el Pago del Marugán, los que, por su ajuar, se dataron en época tardorromana. A partir de ese momento las tumbas fueron saqueadas en busca de joyas, perdiéndose de esta forma gran parte de la información que hubieran podido aportar. Ese año, en una visita del Liceo Artístico y Literario de Granada, además de adquirir algunos de los objetos extraídos en las tumbas, dicha institución reconoció el terreno situado bajo el cementerio, documentando la existencia de un acueducto subterráneo, abundantes fragmentos de teja, ladrillo y mortero y algunos pozos.
En 1868 debido a las obras de construcción de una carretera cerca de Atarfe, en el punto en la que esta pasa junto a la sierra, se hicieron una serie de descubrimientos arqueológicos. Fueron hallados nuevos enterramientos, una línea de pozos, abundantes restos cerámicos, una punta de lanza y varias monedas, siendo una de Iliberri y otras dos romanas, de Constantino una y de Antonino Pío otra. Más al este, la obra dejo a la vista una habitación en la que se recuperaron numerosos objetos islámicos y una serie de piedras talladas, destacando una con un león esculpido en bajorrelieve. Al otro lado de la carretera se desenterraron más esqueletos. A nueve metros se localizó un muro de ladrillo con una tubería de plomo con abundante material romano asociado. Más hacia al oeste, en una excavación para obtener tierra para la carretera, se localizó un gran muro de sillares del que se desconoce la función y la cronología, siendo desconocida hoy día su ubicación.
A partir de entonces las visitas a Sierra Elvira por parte de una comisión Provincial de Monumentos fueron frecuentes. En una de ellas, en el año 1870, se encontró el epitafio tallado en mármol de un mozárabe del año 1002. En 1872 M. Gómez-Moreno González realizó una excavación en el Pago de la Mezquita, considerando la toponimia del lugar y por la presencia de materiales de construcción diferentes a los que se veían en el resto del yacimiento. Efectivamente, se descubrió un muro de sillería de piedra caliza y numerosos restos de sillares e incluso el fuste de una columna. Dos años después un vecino de Atarfe recuperó unas lámparas de bronce en este mismo sitio, cuando extraía piedra para su vivienda.
Mapa realizado por M. Gómez Moreno
En 1875 unas lluvias torrenciales dejaron a la vista una gran cantidad de restos de construcciones, de las que fue posible recuperar fragmentos de yeserías y enlucidos decorativos. Ese mismo año se excavaron los restos de un suntuoso edificio situado en las cercanías del Cortijo de las Monjas, con abundante material islámico. Posteriormente, al sur del Cortijo de las Monjas, se descubrió una inscripción de Domiciano reempleada como pavimento, en una vivienda con un estanque y una fuente abastecida por una tubería de plomo. Se recuperaron abundantes objetos, islámicos en su mayoría, hasta que se consideró recomendable no comprarlos para evitar que continuase el expolio. Los trabajos cesaron finalmente en 1878. No se iniciaron nuevas excavaciones hasta finales del siglo XX, aunque el saqueo de materiales arqueológicos continuó.
En la actualidad las piezas recuperadas en las intervenciones del siglo XIX se encuentran depositados en el Museo Arqueológico Provincial, donde se exponen parte de ellos, como las lámparas de bronce o el Ataifor del Caballo.
Las excavaciones en el siglo XX
En 1999 tuvo lugar la primera excavación en Madinat Ilbira después de un largo período de tiempo en el que las investigaciones arqueológicas estuvieron paradas. Estuvo motivada por una construcción privada que se pretendía levantar en el cerro de Los Cigarrones y fue dirigida por Ángel Rodríguez Aguilera. Situado en el extremo oriental del área protegida, se trata de una loma caliza no muy elevada, que presenta un farallón casi vertical mirando hacía el sur. Hacia el mediodía la pendiente se ve suavizada por los rellenos y los sedimentos hasta terminar en una llanura, por la que discurre el Camino de las Monjas.
Se abrió un sólo sondeo en el que a poca profundidad se descubrieron los restos de una vivienda. La construcción contaba con dos habitaciones y un patio, cuyas características no diferían de las documentadas en el resto del yacimiento. El alzado, que se había perdido, estaba realizado en tapial apoyado sobre unos zócalos de mampostería irregular, unidos por un mortero de tierra muy pobre en cal, excepto en un caso en el que el zócalo estaba realizado mediante mampostería sin mortero, es decir, a piedra seca. La cubierta estaría realizada mediante teja curva, como se deduce del derrumbe de la construcción. De las habitaciones, se puede decir que una era una cocina, contando uno de los muros con un poyo donde se halló una olla del siglo IX incrustada. A parte del evidente interés de esta estructura altomedieval se descubrieron una serie de infraestructuras coetáneas, una calle situada en un lateral, que se había construido aprovechando un escalón natural formado por la roca, completada con mampuestos de grandes dimensiones y, sobre todo, un pozo circular. A este pozo llegaba una canalización compuesta por tejas unidas por un mortero de cal, por lo que se ha interpretado como un aljibe, que, por su situación fuera de la vivienda, era probablemente comunal. También se identificó un muro de mampostería que quizás formase parte de otro edificio.
Esta primera intervención vino a demostrar el potencial del yacimiento en general y más concretamente de esta zona del mismo. Actuaciones posteriores han evidenciado que esta zona contaba con un desarrollo muy importante, desde una fecha bastante temprana, como se deduce del material recuperado.
